1、根据《高等学校重点实验室建设与管理暂行办法》的有关规定，实验室设实验室主任、副主任、以及行政秘书和学术秘书，并组成教育部重点实验室的行政领导集体。实验室主任应是本领域高水平的学术、学科带头人，具有较强的组织管理和协调能力，身体健康，年龄一般不超过60岁，原则上任期为5年，一般每年在实验室工作时间不少于8个月。实验室主任由内蒙古工业大学推荐，教育部聘任。副主任由主任提名，内蒙古工业大学聘任。

2、实验室实行主任全面负责制。实验室主任有主持和领导实验室日常行政事务的职责，对上级主管单位和依托单位负责。实验室主任对实验室科学研究、学术交流、财务、专职人员聘任、研究生教育、资产、行政后勤、安全卫生等实行统一管理。具体工作职责是：主持制定和修改教育部重点实验室的工作原则和管理办法；审议教育部重点实验室年度工作总结和年度工作计划；组织和领导教育部重点实验室科学研究工作；等等。实验室内一切重大事宜均须经实验室主任或主管副主任同意方可实施。

3、实验室下设课题组, 每个课题组设1名课题组组长，其职责是管理课题组的日常运作。

4、根据《国家重点实验室建设管理暂行办法》的有关规定，实验室主任基金在运行补助费中列支，由实验室主任管理，主要用于支持具有创新思想的课题、新研究方向的启动和优秀年轻人才的培养。

7、实验室可设专职秘书和主任助理, 协助做好实验室的日常管理工作。

8、本实验室设立学术委员会，负责审议实验室的目标、任务和研究方向，审议实验室的重大学术活动、年度工作，审批开放研究课题、基金评定以及其它重大学术事宜。

9、为了保证各项重大决策的科学化、民主化和规范化，特设立主任负责制下的室务委员会。